Samodzielny Publiczny Szpital Kliniczny Nr 2 PUM w Szczecinie wyodrębnił się w 1956 r. ze struktury ówczesnego Państwowego Szpitala Klinicznego Nr 1 przy ul. Unii Lubelskiej przyjmując nazwę Państwowego Szpitala Klinicznego Nr 2 w Szczecinie, nazwę zmienił w styczniu 1999 roku w związku z wprowadzoną reformą służby zdrowia, uzyskując tym samym osobowość prawną.
Od 1999 r. pełna nazwa Szpitala brzmi: Samodzielny Publiczny Szpital Kliniczny Nr 2 Pomorskiej Akademii Medycznej Szczecinie. Na przestrzeni kilkudziesięciu lat powstawały nowe bądź zmieniały swą nazwę oddziały szpitalne, powstało Centralne Laboratorium i Centralny Zakład Diagnostyki Rentgenowskiej. Po 1999 roku wyłączone zostały ze struktury Szpitala poradnie stomatologiczne.