Katedra i Klinika Chirurgii Ogólnej, Gastroenterologicznej i Onkologicznej powstała w 1956 roku jako Katedra i III Klinika Chirurgiczna Akademii Medycznej w Warszawie. Klinika powstała na bazie Oddziału Chirurgicznego prowadzonego przez prof. dr hab. med. Jana Zaorskiego, ucznia prof. Ludwika Rydygiera, jednego najwybitniejszych chirurgów polskich. Pierwszym kierownikiem Katedry i III Kliniki Chirurgicznej Akademii Medycznej został doc. dr n. med. Jan Raczyński. W roku 1974 w związku z powołaniem Instytutu Chirurgii Akademii Medycznej w Warszawie, III Klinika Chirurgiczna została przemianowana na Klinikę Chirurgii Gastroenterologicznej. W 1975 roku została przeniesiona do nowych pomieszczeń Centralnego Szpitala Klinicznego przy ul. Banacha 1a, gdzie prowadzi swoją działalność do chwili obecnej.