W strukturze szpitala znajdują się 22 oddziały, Szpitalny Oddział Ratunkowy, Blok Operacyjny, Zakład Opieki Długoterminowej w Makowie Podhalańskim, Zakład Diagnostyki Obrazowej i Laboratoryjnej, Zakład Rehabilitacji i ośrodki dzienne: rehabilitacji i onkologii, Pracownia Endoskopowa, Komora Hiperbaryczna, Apteka, 25 poradni przyszpitalnych, Podstawowa Opieka Zdrowotna w Krakowie i Kocmyrzowie Luborzycy oraz Nocna i Świąteczna Opieka Zdrowotna.
Szpital dysponuje niemal 800 łóżkami szpitalnymi (638 łóżek szpitalnych na Oddziałach, 150 łóżek w ZOD w Makowie Podhalańskim), a w ciągu roku w placówce hospitalizowanych jest około 33,5 tys. pacjentów.
Opieką ambulatoryjną objętych jest ponad 140 tys. pacjentów rocznie.