Krakowski Oddział Kliniczny Okulistyki i Onkologii Okulistycznej jest wiodącym ośrodkiem onkologii okulistycznej w Polsce. Oprócz stosowanej od wielu lat brachyterapii w jednostce wprowadzone zostały nowe metody leczenia guzów wewnątrzgałkowych, takie jak: przeztwardówkowa resekcja czerniaków błony naczyniowej w znieczuleniu ogólnym i hipotensji oraz terapia fotodynamiczna naczyniaków naczyniówki. Od kilku lat stosowana jest także przezźreniczna termoterapia w leczeniu nowotworów wewnątrzgałkowych. Ponadto przy współpracy z Instytutem Onkologii im. Marii Skłodowskiej-Curie w Krakowie chorzy z przerzutowymi guzami wewnątrzgałkowymi są leczeni teleradioterapią.
W styczniu 2011 r. po podpisaniu umowy z Instytutem Fizyki Jądrowej PAN w Szpitalu Uniwersyteckim w Krakowie została uruchomiona pierwsza w Polsce Pracownia Radioterapii Protonowej.