W Oddziale Klinicznym Chorób Zakaźnych prowadzona jest diagnostyka i leczenie wszystkich współcześnie występujących chorób zakaźnych i pasożytniczych. Oddział znajduje się na parterze budynku przy ul. Śniadeckich 5 i liczy 30 łóżek szpitalnych. W Oddziale Intensywnej Terapii leczeni są pacjenci z chorobami zakaźnymi przebiegającymi z zagrożeniem życia, jak zapalenia mózgu i opon mózgowo-rdzeniowych, posocznica, tężec. Ponadto w części ambulatoryjnej mieszczą się Poradnie: Chorób Zakaźnych z Punktem Konsultacyjnym ds. Profilaktyki Wścieklizny, Poradnia Wirusowych Zapaleń Wątroby, Chorób Pasożytniczych i Tropikalnych oraz jedyna w makroregionie południowo-wschodnim Poradnia Nabytych Niedoborów Odporności dla zakażonych HIV i chorych na AIDS. W ramach lecznictwa szpitalnego prowadzone są także